Упродовж 2019−2022 років Міністерство юстиції України при використанні виділених на виконання повноважень 18,1 млрд грн допустило недоліків та порушень на 3,5 млрд грн. Це призвело до неефективного використання та управління бюджетними коштами. 
Про це
заявила Рахункова палата за результатами аудиту ефективності використання коштів державного бюджету, виділених Мін’юсту.
Фахівці Рахункової палати встановили, що Мін’юст із недотриманням законодавства використав 1,6 млрд грн, з порушенням бюджетного законодавства – 1,1 млрд грн, допустив неефективне управління бюджетними асигнуваннями в обсязі 649 млн грн, з яких не використав 117 млн грн відкритих асигнувань загального фонду держбюджету, непродуктивно витратив понад 104 млн грн.
«Водночас Мін’юст не створив ефективної системи дієвого внутрішнього контролю, здатної забезпечити дотримання законодавства на всіх етапах планування потреби, затвердження кошторисів видатків і витрачання бюджетних коштів», - йдеться у звіті Рахункової палати.
Повідомляється, що у 2019 − 2021 роках Мін’юст завищив майже на 1,6 млрд грн видатки на виплату надбавок за інтенсивність праці, виконання особливо важливої роботи й премії держслужбовцям. Коштом цих «резервів», зокрема в апараті Міністерства, встановлювалися надбавки за інтенсивність праці від 5% до 450% посадового окладу на суму 438,5 млн грн..
Аудит засвідчив, що один з основних напрямів реформування системи держуправління – модернізація державної служби та управління людськими ресурсами – Мін’юстом не досягнутий, а спрямовані на це кошти у розмірі 104 млн грн використані непродуктивно.
Суттєвим напрямом використання бюджетних коштів є оплата Міністерством послуг державного підприємства «Національні інформаційні системи» (далі – ДП «НАІС») із забезпечення функціонування єдиних та державних реєстрів. На це з держбюджету витратили понад 1,5 млрд грн. Фахівці Рахункової палати встановили, що визначення щорічної потреби ДП «НАІС» у коштах на забезпечення функціонування цих реєстрів та їх витрачання протягом року відбувалося без належного контролю Міністерством.
Аудит встановив порушення правових засад ведення Мін’юстом бухгалтерського обліку, що призвело до невідображення у вартісному виразі такого нематеріального активу, як право власності на базу даних Єдиного реєстру засуджених та осіб, узятих під варту. На адміністрування цієї бази даних у 2020–2022 роках витратили з держбюджету майже 80 млн грн..
Крім цього, Міністерство коштом державного підприємства «Підприємство Державної кримінально-виконавчої служби України (№130)», в обхід встановлених урядом обмежень на витрачання коштів бюджету на придбання легкових авто, придбало у квітні 2022 року транспортний засіб Toyota Land Cruiser 150 вартістю понад 1,2 млн грн.
У 2018 році Рахункова палата проводила аудит ефективності використання бюджетних коштів, виділених Міністерству юстиції України на керівництво та управління у сфері юстиції, і надала 12 пропозицій щодо усунення виявлених порушень і недоліків. На момент завершення аудиту виконано 11 із них.
